北京scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
更新時間:2025-08-25 點擊次數(shù):64
基因測序是基因檢測的方法之一,其又叫基因譜測序,是國際上公認(rèn)的一種基因檢測標(biāo)準(zhǔn)。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定,被稱為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing),足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細(xì)致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)?;驕y序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實驗室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用,可以說,基因測序技術(shù)將是下一個改變世界的技術(shù)。十二年測序經(jīng)驗,累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。北京scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大,或是存在有效測序深度不足等問題。10xGenomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中,從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況,同時在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息。烈冰空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序助您深入探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征。
空間轉(zhuǎn)錄組測序在病理學(xué)中,通過添加基因表達維度,得出形態(tài)學(xué)結(jié)論,通過觀察基因表達區(qū)域,了解可能發(fā)生假陰性/假陽性的位置; 在免疫學(xué),研究免疫細(xì)胞浸潤、不同區(qū)域的免疫細(xì)胞中的基因表達特征;免疫群體擴散、不同類型免疫細(xì)胞的空間位置解析; 在神經(jīng)科學(xué),研究大腦皮層層狀組織解析,揭示大腦皮層的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系,正常vs.疾病大腦結(jié)構(gòu)特征分析與疾病相關(guān)的基因表達于特定的大腦皮層; 在發(fā)育生物學(xué),通過解析每個發(fā)育階段不同解剖區(qū)域特有的基因表達特征,解析組織中與形態(tài)形成相關(guān)基因;豐富基因表達的空間注釋信息,創(chuàng)建組織發(fā)育的空間細(xì)胞圖譜。
烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具,構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測序分析結(jié)果,詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后,就進入了空轉(zhuǎn)的第二步,去進行Spot的Cluster的過程,熟悉單細(xì)胞測序的研究者知道,Cluster在單細(xì)胞測序中往往表示為細(xì)胞的類型,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細(xì)胞是一個Celltype(當(dāng)然分情況也會有不同)。而在空轉(zhuǎn)中,也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性,導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類型,而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點陣區(qū)域,或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)遍地開花,烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。
空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性:研究單細(xì)胞是想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性,但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液,然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)(微孔,微板,液滴)等方法實現(xiàn)單細(xì)胞建庫,這里比較大的問題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細(xì)胞命運機制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要,因此發(fā)展空問轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留,對研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要。空間轉(zhuǎn)錄組測序以分子方式定義病理,完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的革新。西安烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)
空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。北京scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時,通過透化處理,細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉(zhuǎn)錄組的重點在于芯片部分:正式文庫構(gòu)建的芯片上有4個捕獲區(qū)域(6.5mmX6.5mm,可以檢測4個樣本)每個捕獲區(qū)域含有約5000個被條形碼標(biāo)記的點(barcodedspots)每個spot直徑55μm,每個spot能捕獲1-10個細(xì)胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結(jié)合的捕獲探針,每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes,用以標(biāo)記捕獲的mRNA的空間位置。北京scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化
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